Là nguyên nhân hàng đầu gây ra sốt ở trẻ em. Bệnh thường khỏi sau 7 ngày. Có rất nhiều loại siêu vi gây bệnh cho trẻ em nhưng nguy hiểm nhất là siêu vi gây bệnh sốt xuất huyết, bệnh tay chân miệng, bệnh sởi, bệnh cúm, bệnh thủy đậu.
Thường gặp nhất là nhiễm khuẩn đường hô hấp cấp tính như viêm họng, viêm amiđan, viêm tai giữa, viêm phổi, viêm phế quản. Có thể là tình trạng nhiễm trùng đường tiêu hóa do vi khuẩn như bệnh tả, bệnh kiết lỵ, bệnh thương hàn… hoặc những bệnh nhiễm trùng nguy hiểm như viêm màng não mủ do vi khuẩn Hib, viêm màng não do não mô cầu, nhiễm trùng máu…
Một số tác nhân gây nhiễm trùng khác có thể làm trẻ bị sốt như nhiễm ký isnh trùng hoặc nhiễm lao.